Des marquages massifs pour étudier l’efficacité des repeuplements

Nous n’avons pas souhaité revenir sur l’histoire française des pratiques de repeuplement vieilles de près d’un siècle. Pas plus que nous ne voulons entretenir la polémique entre partisans et détracteurs de ces pratiques de gestion qui avancent chacun des arguments plus ou moins valables. Il s’agit de présenter ici quelques démarches scientifiques qui ont été mises en place afin d’évaluer réellement l’efficacité de certaines pratiques de repeuplement chez les salmonidés.

Par Arnaud Caudron

Des possibilités restreintes de marquage

Toute la difficulté d’étudier l’effet des repeuplements est dans la capacité de distinguer les individus introduits de ceux issus de la reproduction naturelle. Cette distinction n’est possible que par un marquage des poissons relâchés. Or, pour les salmonidés et en particulier la truite fario, un double problème se pose alors très vite : les repeuplements sont réalisés dans leur majorité à des stades très jeunes, limitant ainsi les possibilités de marquage, les quantités repeuplées étant souvent importantes, portant sur plusieurs milliers à millions d’individus. Les premiers questionnements concernant l’efficacité des repeuplements massifs pratiqués par les gestionnaires à l’époque ont émergé au début des années 80. A l’époque, les seules techniques disponibles étaient les marquages dits externes qui consistaient à pratiquer l’ablation d’une nageoire (souvent l’adipeuse pour ne pas pénaliser les capacités de nage du poisson) ou un marquage interne qui consistait à insérer une micro-marque magnétique dans les narines du poisson. Cette marque miniature étant détectée ensuite par l’intermédiaire d’un lecteur magnétique spécial. Plusieurs études, utilisant ces procédés, ont été réalisées en France, en Grande-Bretagne, dans les pays du Nord de l’Europe ainsi bien sur qu’aux Etats-Unis et au Canada. Ces techniques, exclusivement manuelles, nécessitaient de marquer les poissons un à un et excluaient les individus trop petits (d’une taille inférieure à 5 cm). Ces limites imposaient de réaliser les études sur des quantités relativement réduites par rapport aux quantités totales déversées pour les repeuplements, avec des tailles de poissons pas trop petites et donc souvent sur des sites d’études géographiquement restreints.

Le marquage en masse des otolithes

Entre la fin des années 80 et la moitié des années 90, une technique particulière de marquage s’est développée utilisant comme principe la balnéation des individus dans un colorant qui pénètre dans l’organisme et se fixe sur les pièces osseuses du poisson. Il s’agit en l’occurrence de l’otolithe, petit os situé dans l’oreille interne du poisson. C’est la partie calcifiée de l’organisme qui se forme en premier lors du développement embryonnaire. De nombreuses recherches ont été menées dans ce domaine dans de nombreux pays y compris en France pour tester l’utilisation de différents colorants, vérifier la bonne tenue et la fiabilité des marquages, étudier leurs effets sur la santé des poissons et limiter au minimum la durée de balnéation.
En France, la station de recherche de l’INRA de Thonon-les-Bains avait mis en application ces techniques de marquages pour suivre et évaluer les repeuplements à l’initiative de M. Rojas Beltran, aujourd’hui décédé. Des premières études de ce type ont été ainsi réalisées sur le Fier et le Doubs franco-suisse. L’avantage du recours à cette technique résidait dans le fait qu’il était possible de marquer un grand nombre d’individus, plusieurs centaines de milliers de poissons, à des stades précoces c’est-à-dire dès le stade alevin vésiculé juste après l’éclosion. Très prometteurs, les premiers résultats obtenus ont conduit à poursuivre dans cette voie et à optimiser encore la technique et la rendre la plus appliquée possible au suivi des repeuplements.
Désormais le protocole de marquage utilise un marqueur inoffensif pour le poisson et la santé humaine appelé alizarine red S. De plus, il est facile à mettre en place puisqu’il suffit juste, en respectant les doses de colorant, de baigner les alevins pendant trois heures dans la solution dans les bacs de pisciculture utilisés pendant la résorption de la vésicule. En outre, le volume n’est pas limitant, ce qui permet de marquer plusieurs centaines de milliers d’alevins en même temps. Avec cette technique, le marquage est total, c’est à dire que 100% des alevins traités sont marqués, et pérenne puisqu’il ne se dégrade pas au cours du temps et persiste au moins 5 à 6 ans. Si le protocole de marquage a pu être simplifié, la technique de recherche de la marque reste par contre un domaine de spécialiste et nécessite également un matériel de microscopie particulier. En effet, pour repérer la présence éventuelle d’une marque sur un poisson, il est nécessaire de disséquer la tête de celui-ci pour en extraire l’otolithe. Ce dernier est fixé sur une mince lame de verre grâce à une thermocolle puis poncé légèrement à l’aide d’un papier abrasif.
L’otolithe est ensuite observé sous un microscope équipé d’une lampe à vapeur de mercure et d’un filtre permettant de visualiser la marque laissée par le colorant. La marque apparaît ainsi sous la forme d’un anneau rouge fluorescent., Des tests supplémentaires ont montré récemment la possibilité de distinguer différents lots de poissons par simple, double ou triple marquages. Il reste évident que la principale limite de cette technique est la nécessité de sacrifier le poisson pour rechercher la présence de la marque. Cette méthode est donc plus particulièrement adaptée à l’étude des stades juvéniles qui sont souvent les plus nombreux dans les populations et des stades adultes lorsque les poissons sont capturés par les pêcheurs. Après la description des méthodes de marquage, passons aux exemples d’application d’études précises destinées à améliorer les pratiques de gestion actuelles.

Étude grandeur nature sur les rivières

Le principal exemple concerne la truite fario et se situe dans le département de la Haute- Savoie. Les collaborations entre la Fédération de Pêche de ce département et la station de recherche INRA de Thonon, ont permis de lancer un vaste programme de recherche appliquée pour évaluer l’efficacité des repeuplements sur la totalité du réseau hydrographique du département.
Ainsi, à partir de 2002 et pendant trois années consécutives, tous les poissons repeuplés soit environ trois millions d’alevins par an, ont été marqués. Les marquages réalisés dans six piscicultures différentes ont été pratiqués, après une séance de formation par les pisciculteurs eux-mêmes. Ensuite, pendant ces trois années, des campagnes d’échantillonnages par pêche électrique ont été pratiqués pour prélever dans les rivières des juvéniles de truites au stade 0+ et connaître dans les populations la part des individus repeuplés et celles des individus issus de la reproduction naturelle. L’étude a porté sur un échantillonnage de plus de 5000 poissons répartis sur 115 secteurs de rivière situés sur 13 bassins versants.
Ensuite, au cours des saisons de pêche 2004, 2005 et 2006, des prélèvements ont été réalisés au stade adulte par pêche à la ligne par des pêcheurs volontaires. Ce sont alors près de 3000 têtes de truites qui ont été étudiées pour évaluer la part des poissons repeuplés directement dans le panier du pêcheur. L’ensemble de cette étude intéresse bien évidemment directement les AAPPMA car les résultats ont permis de connaître rivière par rivière l’efficacité des repeuplements et ainsi d’adapter les pratiques. L’avantage de travailler à grande échelle, par rapport aux études précédentes, est qu’il est possible d’étudier et de comparer différentes pratiques de repeuplements sur différents types de milieux et d’être ainsi confrontés à de nombreux cas de figures de gestion. Le but étant d’évaluer les pratiques actuelles de gestion, celles-ci n’ont pas été modifiées pour le compte de l’étude mais c’est le protocole d’échantillonnage qui a été adapté. Les résultats ont montré qu’il n’existait pas de généralité concernant la contribution des repeuplements, et si les truites repeuplées ne représentent que 40% en moyenne départementale des poissons trouvés dans les rivières, les contributions des repeuplements selon les sites et mêmes selon les années peuvent varier de 0 à 100%. Le traitement des résultats rivière par rivière a permis de modifier la gestion pratiquée par les AAPPMA avant l’étude en arrêtant les repeuplements sur de nombreux secteurs où ils étaient inutiles. Ceux-ci ne sont maintenus que sur les secteurs qui présentent un intérêt halieutique et sur lesquels ils permettent de maintenir une population. En fait ces cinq années d’études ont montré que la quantité des repeuplements pouvait être réduite de 75% tout en conservant la même efficacité de captures pour les pêcheurs.


Les grands lacs ne sont pas en reste

Cette technique de marquage est également utilisée depuis 2003 pour étudier les repeuplements en omble chevalier et en corégone dans le lac du Bourget. Ce sont environ 100 000 juvéniles d’omble et 200 000 de corégone par an qui ont été marqués. Dans ce cas les échantillonnages sont réalisés auprès des pêcheurs pour connaître la contribution directe des repeuplements dans la pêcherie. Sur le Léman, les études franco-suisses destinées à évaluer l’efficacité des introductions de poissons vont débuter cette année avec, à partir de 2007, le marquage de plus 1,5 millions d’ombles chevaliers. Ce programme devrait s’étendre dès 2008 à la truite fario. Enfin, cette méthode trouve aussi une application dans le domaine de la conservation et la réhabilitation des populations de truites autochtones. En effet, couplée avec des analyses génétiques, elle permet de suivre l’implantation et l’évolution des caractéristiques des nouvelles populations autochtones installées par des repeuplements temporaires de réhabilitation.

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